仕事上の判断を仰ぐ場合は、はじめのうちは対面で指示を仰いだ方がいいでしょう。ですが、上司が多忙でどうしても話ができない場合などには、メールでもかまいません。今の状態を報告し、経緯については簡潔にまとめ、自分なりの意見や対処法を書いた上で指示を仰ぎましょう。メールの場合、どんな理由でいつまでに返信をもらいたいかも書いておくといいでしょう。その場合も２４時間以内には設定しないことがマナーです。
一方で、メールの方が便利な点もあります。
文字として残すことで伝え間違い、聞き間違いを防ぐことができるほか、大勢に向けて一度に報告・連絡ができる、相手の時間を取らないで済むなどです。
ですから、グループで仕事をする場合などはメーリングリストを利用するなど、メールを有効活用しましょう。そのことで、勝手な判断や、報告漏れ、連絡違いなど、グループで起こりやすい問題を防ぐことができます。
個人的な相談にメールを使う場合は、メールでは概要だけ伝えましょう。その場合は、簡潔に書くことを意識してください。悩んでいるとついつい長文になってしまうことがありますが、込み入った話はやはり対面して話したほうがいいですよ。